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Madara vivio muchos años hasta aproximadamente la finalizacion de laTercera Gran Guerra Mundial Shinobi, aunque con un cuerpo ya muy desgastado, y que mantenerse con vida se vio obligado a utilizar la Estatua Demoníaca del Camino Exterior como un sistema de soporte de vida, conectada a un Árbol con los Genes de Hashirama, de este modo la Estatua constantemente suministraba chakra a Madara, o de lo contrario moriría inmediatamente. Durante esta Guerra encontró al joven y prácticamente muerto Obito Uchiha, y comenzó un aparentemente largo proceso de curación. Madara luego a la ordena al Zetsu Blanco y un clon espiral de Zetsu con la tarea de custodiar a Obito y ayudarlo con su rehabilitación, por lo que podría ser útil para él en el momento en que se despertó. Después de que Obito volvió a él como lo había predicho , ahora seguro que Obito era sincero con Madara, lo llevó a un mundo ilusorio y le contó sobre el Sabio de los Seis Caminos y la Bestia de Diez Colas. Luego paso a enseñarle varios Kinjutsus Uchiha, los del Rinnegan y el Elemento Yin-Yang. Antes de pasar, Madara también creó al Zetsu Negro vertiendo su voluntad al Zetsu Blanco, con eso Madara se desconecta de la estatua y con su último aliento dijo Obito para ir a cumplir su voluntad
Cuando finalmente Madara murio años mas tarde Obito bajo la identidad del Enmascarado “Tobi” tomo posesión de su identidad diciendo que en vez de morir salio mal herido, desde ahí empezo a realizar acciones a nombre de él.
Sin embargo, gracias a la investigación de Orochimaru, Kabuto Yakushi aprendido la verdad detrás del tiempo de Madara después de que el Valle del Fin y su muerte real, reencarnando el ninja para chantajear a Tobi.