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Obito es un misterioso ninja, no se sabe mucho acerca de sus verdaderas capacidades. Obito en el pasado ha admitido que él no es tan poderoso como Madara Uchiha lo era antes de ser derrotado por Hashirama Senju y fue más perjudicado por el sellado del Nueve Colas en los diversos jinchūriki, privándole de un arma poderosa.
A pesar de esto, lo que se ha visto de Obito es que es un ninja muy poderoso que puede luchar mano a mano con Minato y derrotar a un ninja altamente calificado, como Konan.
Un elemento clave en el estilo de lucha de Tobi es el uso constante de la utilización de terceros a la batalla en su lugar, como se muestra en el uso del Zorro Demonio de Nueve Colas, la Estatua Demoníaca del Camino Exterior y sus Seis Caminos del Dolor en varias batallas.
Antes de la salida a sí mismo como Madara, su única habilidad aparente, era su velocidad. Su conocimiento del mundo ninja es también de gran envergadura, que puede analizar un jutsu después de ver una vez y posteriormente, puede identificar al usuario debido al jutsu. Del mismo modo, puede llegar a ver las tácticas enemigas muy rápidamente. Tobi posee un inmenso nivel de resistencia, ya que fue capaz de recuperarse rápidamente después de ser golpeado por el Rasengan de Minato. Sus niveles de chakra son enormes, ya que le permite convocar a la poderosa Estatua Demoníaca del Camino Exterior y al Nueve Colas, así como para permitirle utilizar la parte de la intangibilidad de su Migración Espacio-Temporal, las Cadenas de Chakra, ademas de transformar a los jinchūriki a su Bestia con Cola lo dice todo mientras mantiene el control de sus Seis Caminos del Dolor. Tobi también tiene conocimientos sobre el Fūinjutsu. Él posee la habilidad de encontrar a otros sin importar dónde se encuentren con facilidad a través de medios desconocidos, como mostró con Minato.
Tobi ha mostrado conocimiento y habilidad en el campo quirúrgico. En particular, Obito fue capaz de extraer y preservar los ojos de Itachi después de su muerte y posterior éxito de trasplantarlos a Sasuke, así como la implantación de alguna manera el Rinnegan en su propio ojo izquierdo después de perder su Sharingan.