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Para adquirir el Mangekyō Sharingan, el usuario debe afrontar la perdida de alguien cercano a él, ya sea un familiar o su mejor amigo, generalmente se tiene que presenciar o experimentar esto de primera mano, Pero para acelerar este proceso, los Uchihas a lo largo de su historia han matado a la persona más cercana a ellas para cumplir con el criterio.
Kakashi pudo mejorar aún más su Sharingan mediante el desarrollo de su propio Mangekyō Sharingan a través de medios que hasta ahora eran desconocidos. Pero en el último manga se ha visto que el mismo asesinó a Rin, la que en aquel entonces era su mejor amiga.

Además, ha conseguido dominar un jutsu propio de su nuevo sharingan, llamado Kamui.
Aunque nunca ha mostrado tener signos de deterioro de la vista por la utilización de su ojo Mangekyō (como Madara, Itachi, y Sasuke), Kakashi tiene conocimiento de los efectos secundarios de su uso repetido.
Kakashi menciona que todavía tiene que dominarlo, muestra dificultad para utilizarlo contra Deidara, su habilidad con el Kamui más tarde fue lo suficientemente grande durante la Invasión de Pain, utilizandolo para detener un clavo que iba a gran velocidad contra su frente, lanzado por Pain, más tarde vuelve a usarlo contra un misil que iba hacia Choji Akimichi lanzado por el Camino Asura. Posteriormente, en su breve batalla contra Sasuke Uchiha, vuelve a utilizar el Kamui para detener una flecha disparada por el Susanoo de Sasuke lo cual demuestra que ya puede usar más veces el Kamui antes de agotarse completamente.