la historia de Tobi (según él)

Según el mismo Tobi, él es Madara Uchiha (en el manga se confirmó que no era tal persona) que luego de su aparente muerte en el Valle del Fin, él tomo células del cuerpo de Hashirama, viajó a Kirigakure en donde controló a Yagura convirtiéndose en el Mizukage en las sombras (algo que sólo conocia Kisame) y por último animó a Yahiko a crear Akatsuki y le dio el Rinnegan a Nagato (aunque parece que el verdadero Madara conocía también a Nagato a pesar de que murió antes de que él último naciera).
Doce años antes del inicio de la serie y después del final de la Tercera Gran Guerra Mundial Shinobi, la jinchūriki del Kyubi, Kushina Uzumaki, estaba a punto de dar a luz, lo que debilita el sello que contiene al Kyubi. Tobi mató a los guardias ANBU y, después de que Naruto nació, él mató a Biwako Sarutobi y Taji, y secuestro a Naruto. El padre de Naruto, Minato Namikaze, tomó a Naruto de nuevo, pero Tobi escapa con Kushina. Como el sello estaba a punto de romperse y en consecuencia el Kyubi sale del cuerpo de la Jinchūriki al ser extraído por el Uchiha. Tobi usó su Sharingan para poner al Kyubi bajo su control y comenzar de este modo su ataque sobre la aldea. Kushina sobrevive a la extracción, Tobi intenta hacer que el Kyūbi la aplaste, pero Minato la salvó y huyó.


Tobi lleva al Kyūbi a Konoha para destruirla. Minato llegó y fue capaz de contener al Kyūbi, pero Tobi se enfrenta a Minato para detener su intromisión. Tobi rápidamente es forzado por Minato a usar su ninjutsu de tiempo-espacio. Sin embargo, Minato fue capaz de deducir el secreto detrás de la técnica y someter a Tobi con una oportuna teletransportación y lo remata con un Rasengan. Minato luego libera al Kyūbi del control de Tobi, herido y privado de su mejor arma (puesto que Minato puso un sello en Tobi que le impediría hacerse con el control del Kyūbi), optó por huir, diciendo que el Kyūbi estaría a su control de nuevo algún día. Para enfatizar esto, él dijo que él tenía otros planes. Al concluir el ataque del Kyūbi, en Konoha, Minato selló a la mitad del Kyūbi en su hijo y la otra mitad en si mismo, aunque a costa de su propia vida, la de su mujer y otras víctimas durante el ataque.
Ocho años más tarde, se infiltró en Konoha para tratar de reavivar las llamas de la guerra. Fue encontrado por Itachi, que convenció a Tobi de preservar a la población a cambio de ayudar a acabar con el clan Uchiha como venganza por abandonarle décadas atras. Tobi cumplio su parte del trato y entre otras cosas, aportó la asistencia de Itachi en la masacre,sin embargo, Itachi nunca confió realmente en Tobi, mantenido un ojo en él por el resto de su vida. Además durante dicho ataque se reunio con Danzo Shimura.